Sebagai institusi teologi yang berfokus pada Amanat Agung, STTII Yogyakarta tidak hanya mempersiapkan para pemimpin gereja, tetapi juga menjadi mobilisator misi di Indonesia bersama B2B Course. Ini adalah komitmen STTII Yogyakarta dalam Mobilisasi Misi. Melalui kerjasama dengan B2B Course (Pdt. Andreas Setiawan, M.Th.) yang diresmikan pada tanggal 18-21 Februari 2025 di kampus STTII Yogyakarta, segenap civitas STTII Yogyakarta percaya bahwa misi bukan hanya panggilan bagi segelintir orang, tetapi adalah tanggung jawab seluruh orang percaya.
